【摘要】目的基于全基因组高通量测序数据研究2型糖尿病(T2DM)患者心肌间充质细胞的基因表达情况,筛选差异表达基因,采用生物信息学分析评估T2DM心肌间充质细胞的遗传规律及环境因素对上述规律的影响。方法从高通量基因表达公共数据库中获得数据集GSE106177,采用Network Analyst、Cytoscape、String11.0、CTD、HMDD等分析软件或数据库对数据进行预处理,筛选差异表达基因,进行生物学功能与信号通路富集分析,建立差异基因蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选相关环境化学物。结果 T2DM患者心肌间充质细胞的基因表达模式与对照组明显不同,共有135个差异表达基因,其中上调基因58个(42.96%),下调基因77个(57.04%);差异表达基因主要参与多细胞生物发育、解剖结构发展和系统发育等生物学过程,主要涉及肝细胞癌、库欣综合征、胆固醇代谢等通路。PPI网络显示,UBC为核心蛋白节点;microRNA-Gene交互作用网络显示,以hsa-mir-8485为代表的7个microRNA与差异表达基因具有交互作用关系;UBC、DNER、CNTN1等T2DM重要相关基因均与双酚A有交互作用关系。结论 T2DM患者心肌间充质细胞的基因表达模式发生明显改变,UBC可能在上述过程中发挥重要生物学作用,双酚A暴露也可能影响T2DM患者心肌细胞的发育和正常功能。
【关键词】
《建筑知识》 2015-05-12
《中国医疗管理科学》 2015-05-12
《中国医疗管理科学》 2015-05-12
《中国医疗管理科学》 2015-05-12
《华侨大学学报(哲学社会科学版)》 2015-07-07
《南京体育学院学报(社会科学版)》 2015-07-01
《重庆高教研究》 2015-06-29
《广州大学学报(社会科学版)》 2015-07-03
Copyright © 2013-2016 ZJHJ Corporation,All Rights Reserved
发表评论
登录后发表评论 (已发布 0条)点亮你的头像 秀出你的观点